Science & Technology

Membuat Histogram Probability Density Function dengan R

Probability Density Function (PDF) (dalam bahasa Indonesia sering disebut Fungsi Kepadatan Peluang) adalah salah satu cara menggambarkan data bivariat yang muncul berdasarkan peluang. Fungsi ini digunakan untuk menggambarkan keadaan sebenarnya ketika data yang rangenya tingga dan menyebar di satu titik saja. Penjelasa tetag PDF bisa dilihat di slide Bapak Achmad Basuki di bawah ini :

http://basuki.lecturer.pens.ac.id/lecture/statistik2.pdf

Dalam artikel ini akan dibahas pembuatan histogram PDF menggunakan R. Berikut adalah syntax dan output nya dengan menggunakan data yang sudah tersedia dalam R, yaitu iris.

data("iris")
> iris
    Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width    Species
1            5.1         3.5          1.4         0.2     setosa
2            4.9         3.0          1.4         0.2     setosa
3            4.7         3.2          1.3         0.2     setosa
4            4.6         3.1          1.5         0.2     setosa
5            5.0         3.6          1.4         0.2     setosa
6            5.4         3.9          1.7         0.4     setosa
7            4.6         3.4          1.4         0.3     setosa
8            5.0         3.4          1.5         0.2     setosa
9            4.4         2.9          1.4         0.2     setosa
10           4.9         3.1          1.5         0.1     setosa
11           5.4         3.7          1.5         0.2     setosa
12           4.8         3.4          1.6         0.2     setosa
13           4.8         3.0          1.4         0.1     setosa
14           4.3         3.0          1.1         0.1     setosa
15           5.8         4.0          1.2         0.2     setosa
16           5.7         4.4          1.5         0.4     setosa
17           5.4         3.9          1.3         0.4     setosa
18           5.1         3.5          1.4         0.3     setosa
19           5.7         3.8          1.7         0.3     setosa
20           5.1         3.8          1.5         0.3     setosa

146          6.7         3.0          5.2         2.3  virginica
147          6.3         2.5          5.0         1.9  virginica
148          6.5         3.0          5.2         2.0  virginica
149          6.2         3.4          5.4         2.3  virginica
150          5.9         3.0          5.1         1.8  virginica
> virginica<-iris[iris$Species=="virginica",]
> virginica
    Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width   Species
101          6.3         3.3          6.0         2.5 virginica
102          5.8         2.7          5.1         1.9 virginica
103          7.1         3.0          5.9         2.1 virginica
104          6.3         2.9          5.6         1.8 virginica
105          6.5         3.0          5.8         2.2 virginica
106          7.6         3.0          6.6         2.1 virginica
107          4.9         2.5          4.5         1.7 virginica
108          7.3         2.9          6.3         1.8 virginica
109          6.7         2.5          5.8         1.8 virginica
110          7.2         3.6          6.1         2.5 virginica
111          6.5         3.2          5.1         2.0 virginica
112          6.4         2.7          5.3         1.9 virginica
113          6.8         3.0          5.5         2.1 virginica
114          5.7         2.5          5.0         2.0 virginica
115          5.8         2.8          5.1         2.4 virginica
116          6.4         3.2          5.3         2.3 virginica
117          6.5         3.0          5.5         1.8 virginica
118          7.7         3.8          6.7         2.2 virginica
119          7.7         2.6          6.9         2.3 virginica
120          6.0         2.2          5.0         1.5 virginica
121          6.9         3.2          5.7         2.3 virginica
122          5.6         2.8          4.9         2.0 virginica
123          7.7         2.8          6.7         2.0 virginica
124          6.3         2.7          4.9         1.8 virginica
125          6.7         3.3          5.7         2.1 virginica
126          7.2         3.2          6.0         1.8 virginica
127          6.2         2.8          4.8         1.8 virginica
128          6.1         3.0          4.9         1.8 virginica
129          6.4         2.8          5.6         2.1 virginica
130          7.2         3.0          5.8         1.6 virginica
131          7.4         2.8          6.1         1.9 virginica
132          7.9         3.8          6.4         2.0 virginica
133          6.4         2.8          5.6         2.2 virginica
134          6.3         2.8          5.1         1.5 virginica
135          6.1         2.6          5.6         1.4 virginica
136          7.7         3.0          6.1         2.3 virginica
137          6.3         3.4          5.6         2.4 virginica
138          6.4         3.1          5.5         1.8 virginica
139          6.0         3.0          4.8         1.8 virginica
140          6.9         3.1          5.4         2.1 virginica
141          6.7         3.1          5.6         2.4 virginica
142          6.9         3.1          5.1         2.3 virginica
143          5.8         2.7          5.1         1.9 virginica
144          6.8         3.2          5.9         2.3 virginica
145          6.7         3.3          5.7         2.5 virginica
146          6.7         3.0          5.2         2.3 virginica
147          6.3         2.5          5.0         1.9 virginica
148          6.5         3.0          5.2         2.0 virginica
149          6.2         3.4          5.4         2.3 virginica
150          5.9         3.0          5.1         1.8 virginica
> attach(virginica)
> dens<-density(Sepal.Length)
> dens

Call:
    density.default(x = Sepal.Length)

Data: Sepal.Length (50 obs.);    Bandwidth 'bw' = 0.2073

       x               y            
 Min.   :4.278   Min.   :0.0004334  
 1st Qu.:5.339   1st Qu.:0.0304136  
 Median :6.400   Median :0.2147562  
 Mean   :6.400   Mean   :0.2353874  
 3rd Qu.:7.461   3rd Qu.:0.3752514  
 Max.   :8.522   Max.   :0.7131837 
> Sepal.Length
 [1] 6.3 5.8 7.1 6.3 6.5 7.6 4.9 7.3 6.7 7.2 6.5 6.4 6.8 5.7 5.8 6.4 6.5 7.7 7.7 6.0 6.9 5.6 7.7 6.3 6.7
[26] 7.2 6.2 6.1 6.4 7.2 7.4 7.9 6.4 6.3 6.1 7.7 6.3 6.4 6.0 6.9 6.7 6.9 5.8 6.8 6.7 6.7 6.3 6.5 6.2 5.9
> summary(Sepal.Length)
   Min. 1st Qu.  Median    Mean 3rd Qu.    Max.
  4.900   6.225   6.500   6.588   6.900   7.900
> par(mfrow=c(1,1))
> hist(Sepal.Length, breaks = 4+(0:8)*0.5, probability = T,  xlab = "Sepal Length Density", main = "A = 4,4.5,5, ...")
> lines(dens)

Leave a Reply